朝死亡之塔顶层突进的天宇众人面前，出现了向蒙，向蒙已被马休改造，拥有强劲的破坏本能。天宇呼唤向蒙，向蒙的意识渐渐苏醒，他反抗着马休，最终引起了雷暴机甲的自爆。天宇为救向蒙，一起陷入了爆炸的火海。危急时刻，传说中的巨神漩涡霸主出现，它启用神力，让时间停止，救下了天宇和向蒙。脱险的众人，继续朝上挺进。大量的人造神魄阻住了众人的去路。重明鸟、隐翅虫、超限机械兵等神魄挺身挡住了人造神魄大军。天宇、赤焰雄狮、左木、天翔飞鸟、乌鲁鲁、苍穹蛟龙终於来到死亡之塔最顶层。马休在众人面前，召唤出破灭钝鳄和武装天龙。超进化之后的烈焰狂狮、不死神鸟和幻灭翼神龙使出必杀，全被两只三魄神消于无形，马休用稀有破天石，将天上的巨大能量引入死亡之塔，完全困住了烈焰狂狮，并告诉了天宇-三魄神的最后一只，就是烈焰狂狮。为了成为神的马休，一心想拥有三魄神的超强力量。马休企图黑化烈焰狂狮，令它觉醒，并被自己完全掌控。整个大陆陷入了巨大的危机之中！
烈焰狂狮掉进马休的陷阱，全身布满黑色的斑点，失去了意识。天宇努力唤醒烈焰狂狮，凌宇轩等人为了给天宇争取时间，联手攻击两只魄神。这个时候，天宇在精神世界中唤醒了烈焰狂狮，见到了破灭钝鳄和武装天龙的精神体，它们希望烈焰狂狮消灭自己，让世界重生。受到鼓舞的烈焰狂狮醒来，散发出万丈光芒。不甘心失败的马休让武装天龙和破灭钝鳄合二为一成为幻灭龙鳄。烈焰狂狮为了救淩宇轩等人，独自抵挡幻灭龙鳄的攻击，不料却被幻灭龙鳄往回拉。原来马休最终的目的是让三魄神三位一体，成为他的傀儡。烈焰狂狮奋力挣脱，在淩宇轩等人的配合下，全力一击打败了幻灭龙鳄。幻灭龙鳄化作点点光粒升向天空，大家以为一切都结束了，谁知马休却说这一切都是一个计划，还有其他人在操控，之后便启动了死亡之塔的自爆装置。暗夜苍龙带大家逃离了死亡之塔。在死亡之塔的废墟里，蓝斯找到了一个记忆体，初夏找到了两个诞生破天石。带着未解的谜题，达克斯回到了托利亚，看似平静的夜晚，却是暗流涌动，明天晚上将会发生什麽呢…
打倒马休，消灭掉塔图之后，天宇和他的伙伴们迎来了轻松的一天。此时，蓝斯和隐翅虫在大篷车内研究塔图资料，发现大量资料被刻意删除，有人企图掩藏某些真相。蓝斯一路追踪，查到对方终端竟位于雷傲博士宅邸。蓝正准备告知伊格，罗琳女王突然驾到。入夜，庆祝晚会开始，大家开心狂欢，但却一直不见蓝斯和隐翅虫，伊格和高博感到事情不太对劲。就在这时，罗琳女王下达了除掉召唤者和神魄的命令，并利用满月的能量，使天宇和赤焰雄狮之间的连系力量超过了临界值，启动了罕见的反连系力量。整片大陆召唤者和神魄之间的连系被切断，神魄们未经过神魄进化便巨大化，并失去理智，发狂攻击，四处破坏。众人惊诧莫名，广场一片混乱，突然一批机械兵登场，抓住了发狂的神魄们和达克斯的成员。失控的赤焰雄狮摆脱了抓捕的机械兵，逃往托里亚的郊外。天宇和向蒙也在淩宇轩的帮助下逃脱，三人决心救出被抓的朋友和搭挡们。与此同时，罗琳女王为达到其称霸大陆的野心，下令机械兵团，朝西鲁亚和新格兰进发。