荷兰人都被沈有容收押起来，准备押送到京师。
朱由检是想看看，荷兰东印度公司方面，会不会为了这些人排个代表过来谈判，热兰遮的驻军加上大员镇里的荷兰人，足足有两千多个，里面不乏一些重要人物。
有着这样一批人质，朱由检根本不愁东印度公司不派人。就算真的不拍也没关系，这个念头敢出海闯荡的，最少都有一技之长，造船、修船、水手、军人，这些都是朱由检缺少的，有着这么两千个荷兰人替他工作，至少海军的建设不用太操心了。
荷兰人的事情结束，但台湾的事情却没结束。
荷兰顶多占据了台南一部分，接下来还有台中的笨港和台北的基隆港。
在大员港海战结束后，作为功臣之一的郑芝龙并没有返回泉州，而是直接被沈有容收编进了大明皇家海军。
面对这种情况，郑芝龙根本没有反抗的余地，沉默良久后，最终还是默认了。之前若说是郑芝龙强于大明海军，那么现在，却是大明海军强于郑芝龙，而且这种差距，拉到了将近三倍的程度。
李魁奇的叛乱，让郑芝龙实力大损，虽然核心人员还在，但下属势力水手几乎星
散，这种情况下，朱由检怎么可能不先下手为强。
尤其是知道对方将来会做大，而且有投降满清的恶劣行径下。
之前朱由检的第一反应是袭击郑芝龙，彻底打灭他，但迫于帝国信誉和体面而作罢，但是，收编却丝毫不会影响这些，反而在外人看来，对郑芝龙是一种提拔。
御马监麾下军马，素有天子禁军之称，郑芝龙一介海盗，能混到天子禁军里面，自然是一种荣耀。
至于招安之前的约定，此时双方都默契的没有提，谁势力强大，谁就主导话语权，朱由检是这么想的，郑芝龙之前也是这么想的。
在海洋上，就是奉行这么赤裸裸的丛林法则。
收编了郑芝龙后，海军舰队的主力战舰达到了一百六十艘的程度，若是陪上运输船、火船等等辅助舰只，足够撑起一只两千船数的战舰。
当然，这么多的船只是没有用的，只是看着庞大而已。
不过，虽然收编了，但对于他的手下还没进行拆分打混，这中间需要一个过程，不能这么急吼吼的，等某个人前去谈判一番后，再进行不迟。
当前，还是将整个台湾掌握在手中重要。
有了郑芝龙的协助，笨港
是很容易就收编的，当地本就是在福建活不下去的汉民，只要官府承诺不更改他们的所得，这些人是不会反抗的。
在郑芝龙的人逐渐从管理中撤离出来，由熊灿派人接手后，这里就算是归顺了，过程顺利不起丝毫波兰。
等笨港解决后，就是东北部基隆港的西班牙人，他们虽然占据了台湾的一部分，但日子显然没有荷兰人过的滋润，就连粮食都无法保证。
当海军舰队的大军大举包围了基隆后，当地的驻军仅仅只坚持了一天，就举白旗投降，所有西班牙人在长官阿尔卡拉索的带领下，向沈有容投降。
随后，这些人被收押起来，和荷兰人关押在一起，准备带回天津。
至此，整个台湾战事彻底结束，而台湾岛也归入了大明帝国的掌握之中，随后，朱由检宣布，设立台湾府，然而，对于台湾府的归属，朱由检迟迟不能做出决定。
笨港，皇帝驻跸之地。
此时，朱由检已经不隐瞒身份了，而是彻底打出皇帝的旗号，驻跸在笨港，当然，知晓的人依然不多，朱由检并没有发要求官员觐见，仅仅只是不再隐瞒而已。